Kiprah di dunia pendidikan SMP YA BAKII 2 Kesugihan bermula dari berkumpulnya beberapa tokoh umat Islam, antara lain: KH.Achmad Mustholih Badawi , KH.Abdul Wahab, KH.Syaifulloh Muhsin, Kyai Dimyati, KH.Ahmad Thoha Murtadlo, KH.Chasbulloh Badawi pada tanggal 1 Sya’ban 1387 H atau 30 November 1967, bertempat di rumah Ibu Nyai Hj.‘Aisyah, istri KH.Badawi Hanafi (almarhum almaghfurlah); untuk membahas anak-anak didik yang tamat SD maupun Madrasah yang berhasrat melanjutkan sekolah yang lebih tinggi, harus pergi ke Cilacap atau Maos. Sehingga, pada pertemuan tersebut memutuskan untuk mendirikan sekolah lanjutan tingkat pertama. 

Pada tanggal 1 Januari 1968, dibukalah Sekolah Lanjutan Pertama dengan nama Sekolah Menengah Pertama (SMP) Mualimat BAKTI (Badan Amal Kesejahteraan Tarbiyah Islamiyah) dengan perolehan siswa 30 anak yang dibagi dalam 2 lokal. Pada tahun ke II (dua), jumlah murid baru yang mendaftarkan diri berkurang, karena masih banyak sekali kekurangan. Hingga, gedung sekolah berhasil dibangun meski hanya dengan pagar bambu dan lantai tanah. 

Sejak saat itu, gedung sekolah tidak lagi berpindah-pindah, sehingga sekolah tidak menumpang lagi dan untuk pertama kalinya SMP mengikuti ujian Negara dan mengikutsertakan para murid pada 2 (dua) ujian Negara, yaitu : Ujian Negara SMP dan Ujian Negara Tsanawiyah. Hasil ujian tersebut SMP (putra) dapat lulus 8 anak dari 34 anak (25 %), sedangkan untuk untuk Tsanawiyah (mualimat/putri) lulus 18 anak dari 28 anak (66 %).

Pada tanggal 11 Desember 1971 lahirlah Yayasan Badan Amal Kesejahteraan Ittihadul Islamiyah (Ya BAKII) yang didukung oleh tokoh-tokoh masyarakat dan ulama setempat.
Dengan berdirinya Yayasan Ya BAKII, yayasan tersebut menaungi 16 SDI/MII, SMP BAKTI dan 5 pondok pesantren, maka semuanya berikrar bersama dan melebur nama masing-masing sekolah menjadi SDI/MII Ya BAKII dan SMP Ya BAKII. Sehingga sejak awal tahun 1972 secara resmi mengubah nama dari SMP BAKTI menjadi SMP Ya BAKII, sehingga kami dapat memenuhi ketentuan pemerintah yaitu ; “Setiap lembaga pendidikan swasta agar dikelola oleh Yayasan atau Lembaga yang berbadan hukum”. 

Kini, Yayasan BAKII (Badan Amal Kesejahteraan Ittihadul Islamiyah) ini menaungi beberapa lembaga pendidikan mulai dari tingkat PAUD, TK, MI,SMP, MTs, SMA, MA, SMK, hingga Universitas yang tersebar di Cilacap dan Banyumas.